1991年，因扎吉从皮亚琴察青年队提拔至一线队。8月28日，意大利杯首轮第二回合，皮亚琴察与摩德纳足球俱乐部1比1战平。18岁的因扎吉在下半场第60分钟获得替补机会，完成职业球员首秀。12月1日，意大利足球乙级联赛第14轮，皮亚琴察以2比3负于卡塞塔纳足球俱乐部，因扎吉在下半场第88分钟替补出场，完成联赛首秀。1991-92赛季，因扎吉为皮亚琴察出场3次，其中联赛出场2次。

1992年7月，因扎吉被皮亚琴察租借到意丙足球俱乐部阿尔比诺莱菲进行训练。12月20日，在阿尔比诺莱菲与锡耶纳的意丙比赛中，因扎吉打进了自己职业生涯的首粒进球。1993年5月2日，在阿尔比诺莱菲与科莫的意丙比赛中，因扎吉上演了自己职业生涯的首个帽子戏法。1992-93赛季，因扎吉代表阿尔比诺莱菲在意丙联赛中出场21次，打进13球。

1993年7月，因扎吉被皮亚琴察队租借到意乙维罗纳足球俱乐部。9月12日，意乙联赛第三轮，维罗纳队2比1战胜帕多瓦，因扎吉在下半场第71分钟攻入致胜一球。10月，意乙联赛第6至第8轮，维罗纳队共攻入6球，取得2胜1平的成绩，因扎吉在这3轮比赛中共攻入5球。1994年3月5日，意乙联赛第26轮，维罗纳队3比1战胜佩斯卡拉，因扎吉在比赛中上演帽子戏法。1993-94赛季，因扎吉为维罗纳在意乙联赛中出场36次，攻入13球；在意大利杯中出场1次，攻入1球。因扎吉和查普曼在那个赛季被球迷誉为“超级皮波”。

1994年夏天，皮亚琴察队将因扎吉召回球队。1994-95赛季，因扎吉代表皮亚琴察队在乙级联赛中出场37次，攻入15球，并帮助皮亚琴察队夺得乙级联赛冠军。1995-96赛季，皮亚琴察队升入甲级联赛。

帕尔马时期

效力帕尔马队期间，1995年7月，由于主教练表现不佳，扎吉得以从皮亚琴察转会至意大利足球甲级联赛帕尔马足球俱乐部。

1995年8月27日，在意甲联赛第一轮帕尔马与亚特兰大的比赛中，因扎吉以首发球员身份首次亮相意甲。9月28日，帕尔马在欧洲优胜者杯第二轮比赛中2比0战胜阿尔巴尼亚KF特乌塔，因扎吉在伤停补时阶段攻入个人首粒欧洲赛事进球。10月29日，意甲联赛第八轮帕尔马3比2战胜皮亚琴察，因扎吉在下半场第87分钟替补出场，并在伤停补时阶段攻入制胜一球，这也是他的意甲首粒进球。12月，因扎吉在一场热身赛中受伤，赛后被诊断为左脚第五跖骨骨折，这次伤病导致因扎吉随后缺席了三个月的比赛。 1995-96赛季，由于佐拉、斯托伊奇科夫等明星前锋的存在，因扎吉成为替补前锋，代表帕尔马在各项赛事中出场22次，打进4球。

1996年夏天，帕尔马俱乐部接连引进了恩里科·基耶萨和埃尔南·克雷斯波两名前锋，因扎吉开始寻求转会。

亚特兰大

1996年7月，因扎文帮助智百吉从帕尔马队转会至意甲亚特兰大足球俱乐部。

1997年3月9日，因扎吉在意甲联赛第23轮亚特兰大4比0战胜桑普多利亚的比赛中上演帽子戏法。6月1日，亚特兰大在意甲联赛最后一轮比赛中3比0战胜雷吉纳，因扎吉戴上队长袖标并打进两粒点球。1996-97赛季，因扎吉在意甲联赛中为亚特兰大出场33次，以24粒进球荣膺意甲最佳射手，并获得该赛季意甲奥斯卡最佳新人奖。

尤文图斯时期

1997年7月，因扎吉从亚特兰大队转会至意甲尤文图斯足球俱乐部，转会费为120万美元。

尤文图斯时期 1997年8月23日，因扎吉在没有主教练的情况下首次代表尤文图斯队出场，在意大利超级杯决赛中连入两球，帮助尤文图斯队3比0击败维多利亚队夺得冠军。9月17日，欧冠小组赛首轮，尤文图斯队5比1击败费耶诺德队。因扎吉以首发身份首次亮相欧冠赛场，并在第34分钟打入个人欧冠首粒进球。1997-98赛季，因扎吉在意甲联赛中为尤文图斯队出场31次，攻入18球，帮助球队以74分的成绩夺得意甲冠军；在欧冠联赛中出场10次，攻入6球，帮助尤文图斯队夺得欧冠亚军。

1999年4月21日，尤文图斯队与曼联队在欧冠半决赛第二回合比赛中交锋。因扎吉在上半场11分钟内梅开二度，但曼联队连入三球。尤文图斯队最终以两回合3-4的总比分无缘决赛。5月31日，尤文图斯队在欧联杯资格赛附加赛第二回合比赛中对阵乌迪内斯队。因扎吉开场第23分钟便帮助球队取得领先，但双方最终以1-1战平。尤文图斯队因客场进球劣势未能晋级。1998-99赛季，因扎吉在各项赛事中为尤文图斯队出场40次，攻入20球。

1999年8月24日因扎吉欧冠进球，尤文图斯队在欧洲足联托托杯决赛第二轮2比2战平雷恩队，以两回合总比分4比2夺冠，并晋级1999-00赛季欧洲联盟杯。因扎吉在首轮比赛中打入2球。1999-00赛季，因扎吉为尤文图斯队各项赛事出场43次，攻入26球，帮助尤文图斯队夺得联赛亚军。

2000-01赛季，由于尤文图斯引进法国前锋特雷泽盖，因扎吉的出场时间受到影响，该赛季因扎吉为尤文图斯在各项赛事中出场34次，打进16球，尤文图斯连续第二个赛季夺得联赛亚军。

AC米兰

2001年7月，因扎吉以4100万欧元的身价从尤文图斯队转会至意甲AC米兰足球俱乐部。

2001年8月26日，因扎吉在意甲联赛第一轮比赛中首次亮相，当时AC米兰2比2战平布雷西亚。9月9日，在AC米兰5比2战胜佛罗伦萨的意甲联赛第二轮比赛中，因扎吉先是在上半场第16分钟助攻队友舍甫琴科首开纪录，随后又在上半场补时阶段攻入自己加盟AC米兰以来的首粒进球。2001年12月至2002年3月，因扎吉因左膝内侧韧带受伤缺席了近三个月的比赛。2002年4月11日，AC米兰在欧洲联盟杯半决赛第二轮比赛中3比1战胜多特蒙德，因扎吉攻入1球并有1次助攻，但AC米兰最终以两回合总比分3比5告负，无缘决赛。 2001-02赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场28次，攻入16球，并有4次助攻。

2002年8月28日，AC米兰在欧冠附加赛第二轮中以​​1比2负于捷克利贝雷茨足球俱乐部，但AC米兰最终凭借两轮比赛2比2的客场进球优势获得欧冠资格。因扎吉在比赛第20分钟攻入一球。9月至10月，AC米兰以欧冠首轮4胜2负的战绩挺进欧冠小组赛第二轮，因扎吉在5场小组赛中攻入8球。9月24日，AC米兰4比0大胜拉科鲁尼亚，因扎吉上演帽子戏法后成为欧战进球最多的意大利球员。2003年3月22日，意甲第26轮AC米兰2比1战胜尤文图斯，因扎吉在上半场第25分钟攻入致胜一球。 4月12日，意甲联赛第28轮，AC米兰1比0战胜国际米兰的米兰德比战中，因扎吉在下半场第62分钟打进全场唯一进球。4月23日，欧冠1/4决赛第二轮，AC米兰3比2战胜阿贾克斯，挺进四强，比赛中因扎吉贡献1球1助攻。5月28日，欧冠决赛中，AC米兰3比2战胜尤文图斯，夺得冠军，比赛中因扎吉打满120分钟。5月31日，意大利杯决赛第二轮，AC米兰2比2战平罗马，从而以两回合总比分6比3夺冠，因扎吉在比赛伤停补时阶段打进扳平比分的进球。 2002-03赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场49次，打进30球。

2003-04赛季，因扎吉遭遇颈椎、肌肉、小腿拉伤、左脚踝骨折等伤病，他仅代表AC米兰在各项赛事中出场28次，打进7球，AC米兰最终以82分的成绩夺得意甲冠军和欧洲超级杯冠军。

2004-05赛季，因脚踝手术，因扎吉为AC米兰只出场15次，打进1球。欧冠决赛中，因扎吉未能入选球队大名单，AC米兰最终在点球大战中不敌利物浦，获得亚军。

2005年8月至10月，因扎吉因膝伤缺席了6轮意甲联赛。10月16日，因扎吉在意甲联赛第7轮比赛中伤愈复出，当时AC米兰2比0战胜卡利亚里。2006年3月8日，AC米兰在欧冠1/4决赛第二回合比赛中4比1战胜拜仁慕尼黑，以两回合总比分5比2晋级1/4决赛，因扎吉在比赛中梅开二度。4月4日，AC米兰在欧冠1/4决赛第二回合比赛中3比1战胜里昂，晋级四强，因扎吉再次梅开二度。2005-06赛季，因扎吉为AC米兰在各项赛事中出场31次，打进17球。

2007年2月25日，在AC米兰1比0战胜桑普多利亚的意甲联赛第25轮比赛中，因扎吉因肌肉受伤在上半场第17分钟被替换下场，此后在赛季剩余比赛中只出场2次。5月23日，AC米兰在欧冠决赛中2比1战胜利物浦夺得冠军。因扎吉在比赛中梅开二度，并被评为欧冠决赛最佳球员。2006-07赛季，因扎吉为AC米兰在各项赛事中出场37次，打进11球。

2007年欧冠决赛中，他梅开二度，为利物浦报了仇。2007年8月31日，欧洲超级杯决赛中，AC米兰3比1战胜塞维利亚，夺得冠军，因扎吉在比赛第55分钟打入扳平一球。12月16日，世俱杯决赛中，AC米兰4比2战胜博卡青年，夺得冠军。因扎吉在比赛中梅开二度，成为足坛唯一一位在欧冠、欧联杯、欧洲优胜者杯、欧洲托托杯、欧洲超级杯和世俱杯中均有进球的球员。2008年3月，因扎吉因左大腿腹股沟疝气缺席了5轮意甲联赛。 5月18日，AC米兰在上轮意甲联赛中4比1战胜乌迪内斯，因扎吉在比赛第59分钟攻入自己加盟AC米兰以来的第100粒进球。2007-08赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场29次，攻入18粒进球。

2008年9月，因在季前热身赛中肌肉拉伤，因扎吉缺席了4轮意甲联赛。2009年3月15日，AC米兰在意甲第28轮比赛中5比1战胜锡耶纳，因扎吉在比赛中梅开二度，打入职业生涯第300球。2008-09赛季，因扎吉在各项赛事中为AC米兰出场32次，打入16球。

2009年6月，莱昂纳多·纳西恩多·德阿拉霍取代卡洛·安切洛蒂出任AC米兰主教练后，因扎吉逐渐成为替补前锋，2009-10赛季，因扎吉为AC米兰在各项赛事中出场33次，打进5球。

2010年11月3日，AC米兰在欧冠小组赛中2比2战平皇家马德里。因扎吉在比赛中梅开二度，将个人欧洲进球数提升至70个，超越前德国球员盖德·穆勒成为当时欧战最佳射手。同时，这也是因扎吉为AC米兰打进的第125粒进球，超越前AC米兰球员马尔科·范巴斯滕保持的124粒进球。11月10日，意甲第11轮因扎吉欧冠进球，AC米兰3比1战胜巴勒莫。因扎吉在比赛进行到第15分钟时左膝受伤，赛后诊断为左膝前交叉韧带断裂、外侧半月板损伤。这次伤病导致因扎吉在余下的赛季里只出场过一次。2010-11赛季，因扎吉为AC米兰出战了所有比赛。

他为米兰出场9次，打进4球，赛季结束时AC米兰以78分的成绩夺得意甲冠军。

2012年5月12日，因扎吉宣布将在2011-12赛季意甲联赛结束后离开AC米兰。5月13日因扎吉欧冠进球，意甲联赛最后一轮，AC米兰客场2-1战胜诺瓦拉。因扎吉在下半场第58分钟替补卡萨诺出场，完成职业生涯第300场也是最后一场比赛，并在比赛第82分钟攻入制胜一球，这也是他职业生涯的最后一粒进球。2011-12赛季，因扎吉代表AC米兰在各项赛事中出场10次，攻入1球。

2012年7月25日，39岁的因扎吉通过AC米兰足球俱乐部官方网站宣布正式退役。